Reformaci przybyli do Jarosławia w roku 1700. Grunty pod kościół i klasztor ofiarował mieszczanin Antoni Kwołek, zaś głównym fundatorem był Franciszek Zawadzki, łowczy kijowski. Wojna północna (1702-1709) oraz wielka epidemia (1705-1710) opóźniły rozpoczęcie budowy kościoła i klasztoru. W roku 1710 położono kamień węgielny, zaś 21 czerwca 1716 r. biskup przemyski Jan Bokun dokonał konsekracji kościoła. Kierownikiem budowy był Tomasz Bellowi, a następnie Martyn. Niektóre prace rzeźbiarskie przy wyposażeniu świątyni wykonali bracia zakonni: Urban Kitowicz i Modest Gronalewicz.
Na przełomie XIX i XX w. wprowadzono szereg zmian w kościele. Ściany pokryto malowidłami wielobarwnymi (1891), przemalowano ołtarze na kolor hebanowy, usunięto balustradę okalającą wszystkie ołtarze (1905), a ołtarz główny przesunięto pod ścianę absydy, wreszcie założono okna witrażowe (1909).
We wrześniu 1939 r. Niemcy wywieźli zakonników i zajęli klasztor na cele wojskowe. Zakonnicy powrócili w roku 1942, ale klasztor odzyskali dopiero po przejściu frontu w roku 1944. W roku 1970 przy kościele erygowano wikariat niezależny, a w 1973 r. parafię. W latach 1982-84 zbudowano dom katechetyczny; w jednopiętrowym budynku w formie litery „L” przylegającym do klasztoru znalazły się salki katechetyczne, sala widowiskowa oraz nowe mieszkania. W roku następnym przystąpiono do budowy kaplicy pw. Miłosierdzia Bożego, przylegającej do kościoła od strony prezbiterium. Kaplicę w stanie surowym poświęcił 14 września 1989 r. bp. Edward Białogłowski, sufragan przemyski. Obecnie prowadzone są systematyczne prace remontowe w klasztorze i w kościele.
Zakonnicy animują grupy parafialne: Kościół Domowy, Odnowa w Duchu Świętym, Róże Różańcowe, Rodzina Radia Maryja, Młodzież Franciszkańska, Ministranci, Eucharystyczny Ruch Młodych, KIK, Apostolstwo Dobrej Śmierci, Franciszkański Zakon Świeckich.
Dnia 20 września 2000 r. obchodzono 300-lecie pobytu Braci Mniejszych w Jarosławiu.
Klasztor i parafia p.w. św. Trójcy Przenajświętszej
ul. Jana Pawła II nr 16
37-500 Jarosław
tel. 16-621-22-45
e-mail: parafia@fanciszkanie-jaroslaw.pl
więcej informacji: http://franciszkanie-jaroslaw.pl/
film o klasztorze: https://rzeszow.tvp.pl/1748846/magazyn-katolicki