Fundacja warszawska zawdzięcza swoje powstanie królowi Zygmuntowi III, stanowiąc wotum dziękczynne za zdobycie w dniu 13 czerwca 1611 r. Smoleńska. Uroczysta erekcja krzyża miała miejsce 4 października 1623 r. obecności króla, nuncjusza apostolskiego Jana Lancellotti, audytora apostolskiego Emilio Altieri, późniejszego papieża Klemensa X, i innych dostojników świeckich i duchownych. Konsekracji kościoła dopełnił 13 maja 1635 r. bp. Jan Baltazar Liesch, sufragan wrocławski.
Zarówno kościół jak i klasztor w czerwcu 1657 r. zostały poważnie zniszczone przez wojska Rakoczego. W latach 1668 – 1680 z fundacji Leszczyc-Skarszewskiego, kasztelana wojnickiego, stanął murowany kościół, który konsekrował 31 sierpnia 1681 r. biskup poznański Stefan Wierzbowski. Równocześnie z kościołem rozpoczęto budowę klasztoru, subwencjonowaną przez różnych dobrodziejów i ukończone dopiero w 1735r.
W latach 1734 – 1735 z prawej strony prezbiterium król August III polecił wybudować oratorium dla siebie i żony, zwane lożą królewską. W latach 1767 – 1781 dobudowano kaplicę Matki Bożej, a w roku 1792 do istniejącej w linii fasady krużganka, warszawski architekt Hilary Szpiclowski postawił dwa dalsze, biegnące prostopadle. W latach 1756 – 1758 kościół otrzymał jednolite snycerskie wyposażenie wnętrza. W 1851 przed kościołem ustawiono figurę Niepokalanego Poczęcia NMP.
W czasie ogólnej kasaty zakonów w roku 1864 klasztor warszawski pozostał „nieetatowy”. W 1866 r. przy kościele klasztornym utworzono parafię, której proboszczem został kapłan diecezjalny, a funkcję wikariuszy spełniało czterech zakonników. Klasztor skasowano ostatecznie 7 lipca 1867 r.
W roku 1890 przesunięto ołtarz główny do ściany prezbiterium, likwidując znajdujący się za nim chór zakonny i zakrystię. W 1895 r. po prawej stronie prezbiterium wybudowano kaplicę Świętej Rodziny z ołtarzem Wincentego Bogaczyka, a w 1907 r. kaplicę Najśw. Serca Jezusowego.
We wrześniu 1939 r. spaliła się kaplica Matki Bożej, zaś w czasie powstania warszawskiego w dużym stopniu ucierpiały kościół i klasztor; spalił się ołtarz główny, dwa boczne, ambona, organy, oraz cały budynek klasztorny.
Do czasów kasaty klasztor warszawski należał do prowincji wielkopolskiej pw. Św. Antoniego. Pismem z dnia 1 lipca 1949 r. abp Stefan Wyszyński, Prymas Polski, przekazał kościół i parafię prowincji Matki Bożej Anielskiej. Odbudowa kościoła trwała 20 lat. Jej uwieńczeniem była konsekracja zrekonstruowanego ołtarza głównego, której dokonał Prymas Tysiąclecia 18 stycznia 1969 r.
Kościół należy do najpiękniejszych świątyń reformackich w Polsce. Na uwagę zasługuje obraz Opłakiwania (z końca XVII w.) i obrazy św. Franciszka i św. Antoniego, a także epitafium dwóch żon marszałka nadwornego Jerzego Mniszka, Mechtyldy z Szambeków (1747) i Amelii z Bruhlów (1772).
W krużgankach znajduje się wiele XIX wiecznych tablic mieszczan. Są też liczne tablice upamiętniające żołnierzy poległych w czasie II wojny światowej i powstania warszawskiego.
W ostatnim czasie prowadzone są prace remontowe w klasztorze.
Klasztor i parafia p.w. św. Antoniego Padewskiego
ul. Senatorska 31
00-099 Warszawa
tel. 22-827-15-20; 22-827-23-71
E-mail:senatorska.franciszkanie@gmail.com
więcej informacji na: http://swietyantoni.com.pl/